Les structures sociales traditionnelles sont basées sur un système de parenté et de classe d'âge. Le système de parenté s'appuie sur la famille, le lignage, le sous-clan et le clan. Le clan est composé d'individus se réclamant d'un même ancêtre, réel ou fictif.

Campement Pygmée Bagyeli de Bokui

Chez les Baka, le clan est désigné par le terme Ye, Yelikemba signifie par exemple clan de Likemba.
Mais il arrive souvent que, en raison de la grande mobilité des pygmées, un étranger s'établisse par pure convenance dans un clan où chacun se réclame d'un ancêtre commun.

Organisation politique

Une communauté Pygmée est soumise au verdict du Conseil des Anciens et placée sous l'autorité d'une chefferie traditionnelle.
Loin d'être une structure formelle, le Conseil des Anciens ne se réunit que ponctuellement, pour résoudre un problème précis qui se pose au niveau du campement. Entrent ainsi dans ses attributions les questions du mariage des jeunes pygmées, des litiges conjugaux, des problèmes d'initiation.
L'autorité cheffale est généralement entre les mains d'un vieillard dont le pouvoir s'exerce de plein droit sur l'ensemble de la communauté.
Par manque d'informations, mais surtout en raison de la non reconnaissance de leur identité et du rejet dont ils font l'objet, les populations Pygmées ne s'intéressent pas à la vie politique nationale et ne prennent aucune part à la démocratie, aux élections, aux mutations sociales, aux évolutions économiques...