Le Fondaf a instauré un programme lié à l’état civil au sein duquel il a mis en place une sensibilisation et une formation des Pygmées à la citoyenneté. Cette formation vise à informer les Pygmées Bagyeli sur l’intérêt que représente pour eux l’obtention de ces papiers et leur conservation, à savoir sur un plan d’éducation, de santé, de représentation politique, de justice et de niveau de vie en général. Il s’agit également d’éviter de rentrer dans une spirale de démarches illégales liées à la corruption de certains chefs de registres civils. Les Pygmées ne sont pas préparés à intégrer cet aspect de la vie moderne auquel ils ne sont pas habitués qui signifie être défini par le biais d’un objet matériel et avoir le réflexe de le conserver toujours sur soi. Le Fondaf fait donc un travail permanent de sensibilisation de la population, leur montrant concrètement l’intérêt que peut avoir l’intégration d’une telle habitude pour eux. Ces bénéfices commencent à être compris petit à petit grâce aux efforts du Fondaf et ils deviendront un reflexe à travers des campagnes de sensibilisation et de formation de proximité.

Depuis 2005, un ambitieux volet d’état civil est en cours grâce à l’appui de SOS Enfants et de l’Association Fédérative La Voix de l’Enfant. Une grande mobilisation a eu lieu à deux reprises déjà, débouchant sur l’établissement de 500 actes de naissance. Prenant la forme de campagnes de régularisation de l'état civil, ces campagnes incluent la formation d’animateurs Pygmées Bagyeli, l'organisation de sensibilisations de proximité dans les campements Bagyeli, la formation et la sensibilisation des parents à l’importance de ces documents et finalement l’établissement des actes proprement dits.

Le droit au respect, à l’épanouissement et au bien-être qui reviennent de droit aux Pygmées dépendent en partie de cette action, mais c’est un enjeu qui doit être atteint par et avec les Pygmées et non pas leur être imposé sans leur consentement.