Primordiale dans notre action, la scolarisation des enfants ne représente pas seulement l’instruction et la connaissance. C'est également pour toute la communauté une opportunité de changement et d'adaptation à un nouveau mode de vie pour une réelle amélioration du statut social du peuple Pygmée Bagyeli et une réduction de sa marginalisation.

Le FONDAF assure l’éducation et l’autopromotion des populations Pygmées depuis 1960. Le Foyer comprend un internat et un centre de pré-scolarisation des enfants Pygmées. L'enseignement y est dispensé selon la méthode ORA - Observer, Réfléchir, Agir - adaptée à l’éducation des enfants de la forêt, dans le but de les amener à la fois à maîtriser leur langue maternelle, à parler la langue française et à comprendre le monde moderne.

Une fois que les jeunes Pygmées maîtrisent le calcul, la lecture et l’écriture, ils sont inscrits à l’école primaire de Bipindi où ils suivent l’enseignement de base au même titre que les enfants Bantous.
En raison de l’éloignement des campements, ils sont pris en charge par le Foyer en tant que pensionnaires et demeurent à l’internat durant toute l’année scolaire.

Au moment des vacances, les enfants pygmées rejoignent leurs clans et leurs familles parentales dans les campements. Ils concilient ainsi les connaissances du monde moderne acquises à l’école et celles de l'environnement qui leur est traditionnellement familier.

Les échecs et les abandons sont rares, les résultats obtenus pas les élèves sont généralement très satisfaisants. Les chiffres parlent d'eux-mêmes : sur 100 enfants ayant entamé une scolarité, 80 obtiennent le Certificat Primaire et Elémentaire et 5 émergent jusqu’à obtenir le Diplôme de Fin du Premier Cycle de l’Enseignement Général ou Technique et Professionnel.

A ce jour, le Foyer a alphabétisé plus de 1850 jeunes Pygmées dans une zone allant de Kribi à Lolodorf.